欧盟商标注册程序采用的是审查程序，主要由以下3部分组成：
首先是申请的审查，包括是否有一致的申请日期，形式审查及是否有绝对驳回问题。这时，建立查询报告。第二是公告；第三是获准注册（包含异议审定程序阶段。）
程序的第一步开始于受理申请，申请要么被OHIM直接受理，要么通过各个国家工业产权局，并且包括：
- 审查申请日期是否一致，申请指定商标或服务的类别的审查；
- 发送此商品或服务单到欧盟翻译中心（卢森堡）；
- 建立欧盟商标查询报告，发送此申请到成员国工业产权局，在各成员国注册中查询，发送所有的报告给申请人或其代理人 ；
- 是否有绝对驳回的理由的审查；
- OHIM不会对驳回的相对理由进行审查。此审查只会因第三方提起异议或欧共体商标获准注册后的撤销申请而进行；
程序的第二步是欧盟商标注册申请的公告，这表明OHIM已同意该商标注册。
第三步程序中有在先权利的第三方提起异议。异议须在欧盟商标申请公告之日起3个月内提交。如果异议裁定申请人胜诉，或异议期间无异议提交，那么此欧盟商标申请将被获准。
复审构成一个特别的程序阶段。复审可以在上述审查过程中提出以反对审查意见、异议及商标管理和法律部门的裁定。对于一方，对非终局的裁定可以提出复审，除非终局裁定允许另外提出复审。复审委员会负责复审申请的裁定。